اختلف أهل العلم في مشروعية القنوت في هذه الحالة: فأفتت اللجنة الدائمة للإفتاء بمشروعية القنوت في حالة النوازل كحلول الوباء في صلاة الفجر وغيرها كما كان النبي صلى الله عليه وسلم  يفعل ذلك.

وخالف في ذلك بعض أهل العلم فقالوا، بعدم مشروعيته وأن القنوت لا يُشرع إلا في النوازل التي تكون من غير الله سبحانه وتعالى، كإيذاء الكفار للمسلمين، أما ما كان من الله سبحانه وتعالى فلا يُشرع فيه إلا ما جاءت به السنة، كالصلاة للكسوف وغيرها.

ولعل الأظهر من أقوال أهل العلم والله سبحانه وتعالى أعلم: الجواز؛ لأن القنوت للنوازل ثابت بالسنة النبوية، والأمراض الفتَّاكة تعد من أعظم النوازل، ومن قال بأن الطاعون رحمة والموت فيه شهادة، فلا يشرع الدعاء برفعه، وأن القنوت له لم يُنقل عن الصحابة رضي الله عنهم  فعله، فالجواب: أن الدعاء برفعه لا يعارض فضله، كما في النهي عن تمني لقاء العدو وهو سبب للشهادة، وقد ثبت عن النبي صلى الله عليه وسلم  الاستعاذة من أمور ثبت فضل الموت بها وأنه شهادة كالطاعون، ومن ذلك قوله صلى الله عليه وسلم:  "اللهم إني أعوذ بك من الهدم، وأعوذ بك من التردي، وأعوذ بك من الغرق والحرق، وأعوذ بك أن أموت لديغا .." أخرجه أبو داود والنسائي، وقال الألباني: صحيح، وسائر الأمراض والابتلاءات قد جعل الله سبحانه وتعالى فيها من الفضل والخير للمؤمن الشيء العظيم، ومع ذلك فالمشروع للعبد سؤال الله سبحانه وتعالى العفو والعافية في الدنيا والآخرة.